乙級聯賽創建之初(有間斷)采用預賽階段和決賽階段的兩個階段，預賽分成若干賽區(前期稱組)但出線球隊數目不定，決賽階段又分成分組賽和決賽，均采用循環賽賽會制。1965年乙級聯賽停辦，1978年乙級聯賽恢復后采用分階段的賽會制雙循環比賽，僅1983年實行單循環比賽，1984年乙級聯賽開始(包括作為次級聯賽和三級聯賽的時候)采用預賽階段和決賽階段兩個階段的比賽，除1992年分為兩個小組外都分成四個賽區，分由四個城市舉辦賽會制的比賽，每個賽區出線球隊數目不定，因此決賽階段的球隊數量也不定，決賽階段采取賽會制，或實行淘汰賽或實行循環賽不定。1989年乙級聯賽開始作為第三級聯賽至今。

　　半職業聯賽時期(1994-2003年)

　　中國職業足球聯賽起步階段的全國足球乙級隊聯賽尚屬于半職業聯賽性質，除職業足球俱樂部外，各大行業體協、機關單位、企業、學校和俱樂部梯隊都可以參加。

　　前期采取預賽階段和決賽階段兩個階段的賽制。1995年改為預賽階段、復賽階段和決賽階段三個階段，預賽階段即省市區的選拔賽，勝者進去大區復賽;復賽階段初分五個賽區，1997年改為四個賽區，復賽實行主客場雙循環的比賽，賽區前三名進入決賽階段;決賽階段采用賽會制，分成第一階段小組賽和第二階段淘汰賽(僅1995年是循環賽)，小組賽分為三個小組，小組前兩名和成績好的兩個小組第三名出線進行每輪兩場淘汰賽，而決賽一場定勝負(1995年時小組賽前兩名出線進行循環賽)，并一般不設三四名決賽。

　　1999年的乙級聯賽分為兩個階段，取消了預賽階段。第一階段是分組賽，3個組分別進行主客場雙循環的比賽，小組前四名共十二支球隊進入決賽階段。而決賽階段賽制不變。而2000年開始再次分為三個階段。第一階段是分區預賽，采用主客場雙循環賽制前三名出線進入第二階段。第二階段是南北賽區的復賽，各六支球隊出線，第一階段交鋒過的對手不再交鋒第一階段的成績帶入復賽，每個賽區各四支共八支球隊進入第三階段決賽階段。第三階段決賽階段實行賽會制淘汰賽，依然除了決賽外都每輪實行兩場的淘汰賽。

　　職業聯賽時期(2004-2010年)

　　2004年，中國各級職業足球聯賽進行了改革，中國足球乙級聯賽正式劃入職業聯賽范疇之內，當年共有22支俱樂部報名參賽。2012年是迄今為止中乙聯賽規模大的一屆賽事,共有26支俱樂部報名參賽。改革后的中乙聯賽實行第一階段南北賽區主客場雙循環賽制和第二階段總決賽實行淘汰賽賽會制。起初是南北兩個賽區前四名出線進入總決賽。2007年中國大學生足球聯賽冠亞軍也被允許參加總決賽的比賽，并且賽區冠軍直接晉級半決賽，其他六支球隊將和大學生足球聯賽冠亞軍球隊通過淘汰賽爭奪兩張半決賽的資格。2010年由于參賽球隊較少因此在第一階段分區賽中采取主客場四循環的賽制，總決賽階段也不再允許大學生球隊參加，且賽區冠軍直接進入半決賽，賽區二三名則爭奪進入半決賽的資格。

　　業余聯賽時期(2011-目前)

　　受到中國足球大環境的影響，2010年中乙聯賽僅有10支球隊報名參加，創造了建立中乙聯賽以來歷史參賽隊的新低。為了擴大中乙聯賽的影響力，中國足協決定，2011年開始中乙聯賽退出職業聯賽系統，除職業足球俱樂部外，各省、市體育行政單位也可以組隊參賽，中乙聯賽又重新回到半職業聯賽的范疇。