益生菌主要被用來調節腸道菌群，但長時間攝入可能導致一些消化系統相關的問題，如腸道菌群失衡、益生菌依賴和營養不良。

1.腸道菌群失衡

益生菌是活性菌，持續攝入可能導致腸道內活性菌的數量過度增加，從而引發益生菌與其他菌類的比例失衡，這可能進一步導致胃腸功能異常。

2.益生菌依賴

當長期攝入益生菌時，腸道菌群可能會逐漸失去其自我調節的能力，從而變得過于依賴益生菌來進行調節。

3.營養不良

由于益生菌能夠加速胃腸蠕動和腸道內容物的排出，長期攝入可能會減少腸道對營養物質的吸收時間，導致營養吸收不足，從而增加營養不良的風險。