慢性胃炎結腸炎的治療主要包括飲食調理以及藥物治療。

飲食上應該吃一些含蛋白質、維生素等營養物質，并且容易消化吸收的食物。不能吃辛辣刺激的、過于堅硬粗糙的、腌制的、油炸類的、過于油膩不容易消化吸收的食物。平時要戒煙戒酒，少吃多餐，一次性不要吃太多，注意飲食規律，避免暴飲暴食。盡量避免使用對胃黏膜以及腸黏膜有損害的藥物。

藥物治療的話，慢性胃炎可以給予抑制胃酸分泌的藥物，比如奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑、雷尼替丁、西咪替丁等等藥物。可以口服硫糖鋁、枸櫞酸鉍鉀等等藥物保護胃黏膜并且促進胃黏膜修復。慢性結腸炎治療的藥物主要為氨基水楊酸制劑、糖皮質激素、硫唑嘌呤、生物制劑等等。