酪酸梭菌活菌膠囊一般不存在不良的危害，只有部分患者在服藥后會出現皮疹，但是一般可以自行消退。酪酸梭菌活菌膠囊是由于酪酸梭菌活菌、淀粉、葡萄糖組成，可以用于治療急、慢性腹瀉以及消化不良。

酪酸梭菌二聯活菌膠囊的不良反應在Ⅰ~Ⅲ期臨床研究中，僅個別患者出現皮疹，可自行消退。酪酸梭菌二聯活菌膠囊的藥物相互作用本品不宜與抗生素類藥物同時服用，藥敏試驗表明：酪酸梭狀芽孢桿菌對氨芐青霉素、頭孢唑啉、頭孢呋辛、四環素、氯霉素、痢特靈、復方新諾明和氟哌酸等敏感；嬰兒型雙歧桿菌對氨芐青霉素、頭孢呋辛、頭孢噻肟、紅霉素、氯霉素和痢特靈敏感。酪酸梭狀芽孢桿菌和嬰兒型雙歧桿菌兩者有相互促生作用。