健胃
菖蒲能刺激胃液分泌，并對制止胃腸的異常發酵有一定幫助，常配厚樸、陳皮等同用。此外，治療噤口痢，用菖蒲解胸膈之熱閉，開胸進食，也取其健胃理氣作用，配參苓白術散。
通淋
取其有利尿作用，在治石淋或熱淋的方劑中，可用作輔助。
明目
試治角膜潰瘍，配枸杞子、菊花、琥珀等，有名目作用。
抗癌
本品煎劑體外實驗有抗癌作用。
抗菌
高濃度浸出液對常見致病性皮膚真菌有抑制作用。
其它作用
揮發油對小白鼠有較強的降溫作用。但不能對抗小鼠的扭體反應，提示它沒有鎮痛作用。對小自鼠的急性中毒主要癥狀為抽搐，外界刺激可誘發和加劇抽搐，后死于強直性驚厥，說明中毒主要在興奮脊髓。對某些真菌在試管內有抑制作用。菖蒲、艾葉、雄黃合劑可作煙熏消毒。石菖蒲煎劑在體外的篩選試驗中，初步證明能殺死腹水癌細胞。
驅蚊蠅、蟲蟻，凈化空氣
據說，在先秦時代，人們普遍認為五月是個毒月，五日是個惡日，人們在五月要禁欲、齋戒，在五日要插菖蒲、艾蒿以驅鬼，薰蒼術、白芷和喝雄黃酒以避疫。
后來的人們插艾蒿和菖蒲也是為了防病。艾蒿，又名家艾，它的莖、葉都含有揮發性芳香油，所產生的奇特芳香，可以驅蚊蠅、蟲蟻，凈化空氣。
菖蒲是多年生水生草本植物，它狹長的葉片也含有揮發性芳香油，是提神通竅、健骨消滯、殺蟲滅菌的上等藥物。人們在端午節這天灑掃庭院，插艾蒿，懸菖蒲，灑雄黃水，飲雄黃酒，也是為了激濁除腐，殺菌防病。
