六味地黃丸與杞菊地黃丸主要在藥物組成成分、功能主治、臨床應用方面存在區別，具體如下：

一、組成成份：

1.六味地黃丸主要由熟地黃、山茱萸（制）、山藥、茯苓、牡丹皮、澤瀉等組成。

2.杞菊地黃丸主要成分包括枸杞子、菊花、熟地黃、山藥、酒萸肉、茯苓、牡丹皮、澤瀉等，可見杞菊地黃丸是在六味地黃丸的配方基礎上添加了枸杞子和菊花。

二、功能主治：

1.六味地黃丸具有滋陰補腎的功效。

2.杞菊地黃丸具有滋腎養肝的作用。

三、臨床應用：

1.六味地黃丸常常用于腎陰虧損引發的頭暈耳鳴、腰膝酸軟、盜汗遺精等病癥。

2.杞菊地黃丸多應用于肝腎陰虧導致的眩暈耳鳴、視物昏花等情況。

總之，在用藥時應在專業的中醫師指導下，依據具體病癥進行選擇，以免盲目使用而延誤病情。