早上起床吞口水時喉嚨痛，可能是以下原因導致。

一、咽喉炎癥。如果患者存在急性咽喉炎癥，由于炎癥對喉嚨部位的刺激，就會引發疼痛，且在吞咽時疼痛癥狀會更明顯。部分患者還會伴有發燒以及全身乏力等表現。對此可在醫生指導下口服抗生素類藥物進行治療。同時，患者每天早上起床后可用淡鹽水漱口，這樣能使癥狀較快緩解。

二、咽喉干燥。若患者晚上睡覺時經常張口呼吸，會致使空氣直接進入喉嚨，從而使喉嚨發干，在吞咽口水時產生疼痛。在日常生活中，患者可多喝些溫開水以濕潤喉嚨，進而讓喉嚨疼痛情況得以好轉。

此外，也不能排除是急性扁桃體炎或者急性會厭炎等原因，需要進行鑒別診斷。總之，早上起床吞口水喉嚨痛的原因多樣，需根據具體情況進行分析和處理。