眼睛里有黑色斑點的處理方法包括使用生理鹽水清洗、外用藥物治療、激光治療以及長期觀察。具體如下：

一、生理鹽水清洗：如果是因異物進入眼睛導致出現黑色斑點，可通過使用生理鹽水對眼部進行清洗，這通常能夠起到改善作用。

二、外用藥物：

1.若黑色斑點是由于感染細菌引發，比如患上結膜炎或角膜炎，進而引起眼部紅腫、疼痛等不良癥狀，此時可依據醫生指導使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等藥物進行治療。

三、激光治療：如果考慮是玻璃體混濁造成的，表現為眼前黑影飄動等情況，則可通過玻璃體激光進行治療。

四、長期觀察：若黑色斑點是位于白眼球上的單純色素點，呈現深藍色，多數是色素沉著或透出脈絡膜顏色，多數情況下不影響視力且沒有其他不適，如果沒有明顯變化，可單純進行觀察。

以上是常見的處理方法，但如果在治療期間出現其他眼部不適癥狀，需要及時就醫。