嬰兒腦炎的治療極為關鍵。若治療不徹底，極易引發神經系統后遺癥。故而需依據病因積極且有效地擬定治療方案。

一、對于有細菌感染的情況：

1.需給予積極的抗生素抗感染治療。

2.要選擇劑量充足且療程足夠長，還能透過血腦屏障的抗生素。

二、若是病毒性腦炎：

1.則要給予抗病毒治療。

2.同時要著重維持水電解質平衡紊亂以及提供營養支持，確保重要臟器功能正常。

三、真菌性腦炎主要為新型隱球菌性腦炎，主要給予抗真菌治療。

四、此外還有特殊的自身免疫性腦炎：

1.這種腦炎只能進行免疫調節治療。

2.包括使用激素以及免疫球蛋白。

總之，嬰兒腦炎治療要針對不同類型采取相應合適的方法，以保障治療效果，減少后遺癥的發生。