懷孕40天有褐色東西流出來，一般情況下和先兆流產或宮外孕等因素有關，根據這些病因，可采取藥物治療或手術治療。

1、先兆流產

如果胚胎質量不佳、染色體存在異常或在懷孕期間腹部受到撞擊、性生活過于劇烈或頻繁以及受到細菌、病毒等感染后，可能會引起先兆流產，導致陰道出現少量流血，所以會有褐色的東西流出來，部分患者還會出現腹痛或腰背痛等表現。

對于這種情況，患者需及時前往醫院進行保胎治療，常用藥物有保胎靈、黃體酮、安胎丸等。如流產不可避免，可選擇清宮術或刮宮術終止妊娠。

2、宮外孕

如果只是通過早孕試紙檢測誤以為自己懷孕，而沒有前往醫院進行診斷，此時出現褐色分泌物，還需要考慮與宮外孕有關。

如果病情較輕、出血較少，可遵醫囑選擇甲氨蝶呤進行保守治療；如病情較重、出現腹腔內出血，需要及時進行手術治療。