腦干腦炎的病因并不明確，可能是病毒感染、炎性脫髓鞘改變等原因導致的，免疫力低下可誘發腦干腦炎。

一、基本病因

1、病毒感染

患者感染單純皰疹病毒、腸道病毒71型后，病毒可沿著神經系統擴散，造成其中樞神經系統損傷，從而破壞其大腦皮層、腦干等腦組織，進一步引發腦干腦炎。

2、炎性脫髓鞘改變

患者發生炎性脫髓鞘改變的情況時，如果疾病長時間不治愈，可對其腦干組織產生影響，形成腦干腦炎。

二、誘發因素

免疫力低下可誘發腦干腦炎，患者的免疫力低下時，免疫系統無法抵抗病毒的入侵，進入腦內造成其腦干發生炎性病變時，可誘發腦干腦炎的形成。