腦積水分流術后遺癥包括永久性頭痛、癲癇、認知障礙等，具體如下：

1、永久性頭痛

若患者在術后存在腦脊液過度引流或引流不足的情況，導致顱內壓過高或過低，且沒有積極干預，有可能會出現永久性頭痛的癥狀。

2、癲癇

如果患者在術后存在感染、引流不足、顱內出血等情況，導致顱內壓升高，對腦組織造成壓迫，使得腦部神經元異常放電，便會出現癲癇的癥狀。

3、認知障礙

患者因手術操作不當出現腦組織損傷、引流不足等情況后，可對腦功能造成影響，從而導致認知障礙。