高錳酸鉀是一種抗氧化劑，具有殺菌作用，能有效殺滅各種細菌繁殖體、真菌、結核桿菌等。臨床上主要用于婦科方面，可以用0.01%的高錳酸鉀水溶液沖洗陰道，0.02%的水溶液用于坐浴，治療白帶過多。此外，對于痔瘡患者，還可用0.1%的水溶液坐盆浸泡，可止癢止痛、防止感染，促進脫出的痔核復位。

高錳酸鉀是一種強氧化劑，有較好的殺菌作用，是常用的外用消毒劑。可以對于痔瘡及肛門周圍炎癥有一定的作用，但是一定要嚴格按比例配置，濃度過高的話會對皮膚產生損害。也可以用于外科手術器具及水果的消毒等，一般配置成1:5000或者1:10000的比例，才可以用來做浴或者泡浴使用。