胃鏡檢查的費用與不同地區，不同醫院等有關，一般三甲醫院做普通胃鏡的價格在兩百元左右，如果加上測碳14呼氣試驗的費用，還要收費一百元左右。如果是選擇無痛胃鏡檢查，價格一般要在普通胃鏡基礎上加三百元左右，具體價格還是以當地醫院為準。

不同地區，不同等級醫院胃鏡檢查的費用不盡相同。以中部地區某市級三甲醫院為例，普通胃鏡檢查費用為230元。通常做胃鏡檢查時會同時測碳14呼氣試驗，收費100元（若是碳13呼氣試驗則費用約250元）。胃鏡檢查時必須使用的祛泡沫劑或局部麻醉劑收費數元至數十元不等。若是內鏡下發現病變，需要取材進行組織病理檢查時，則另外收費200余元，取材部位多則收費按規定增加。如果選擇無痛胃鏡檢查，則在普通胃鏡的基礎上增加300余元。