耳朵的檢查可確定胎齡，尚須檢查耳朵的位置;耳位低常標志有腎臟或遺傳性疾病。耳道應該是張開的并可看得見鼓膜。廉價手提式聽力測定器雖可測試新生兒聽力，但在總體篩查中，其可靠性和有效性尚待證實。腦干聽覺誘發反應的測試可應用于高危病人，應該仔細詢問有無家族性耳聾病史，胎兒期風疹，新生兒黃疸或母親或新生兒曾否接受氨基糖苷類抗生素治療。

　　口腔應檢查上腭和懸雍垂完整與否，有無牙齦囊腫和先天性舌系帶過短(舌系帶短縮)。在硬腭上出現小珠樣隆起(Epstein小結)和小潰瘍(Bednar口瘡)是正常的。另外還需檢查嬰兒的吸吮能力。

　　腹部

　　由于10%的新生兒可有腹部畸形，需要在生后頭幾天內仔細觀察，包括腎臟和其他器官形狀，大小或位置的異常。正常情況下，肝臟在肋緣下1~2cm處可觸及，脾尖很容易被觸及。一般兩側腎臟均可觸及，左側比右側更容易觸及，若不能觸及腎臟，可能存在腎缺失或發育不全。巨大腎可能由梗阻，腫瘤或囊性病變引起。男嬰不能排尿提示有后尿道瓣。由于臍周圍肌肉系統薄弱，臍疝很常見，但很少引起癥狀，或需要治療。

　　生殖器

　　足月男嬰的睪丸應在陰囊內，新生兒常發生鞘膜積液和腹股溝疝。一個硬的變色的陰囊腫塊可能是睪丸扭轉，尤其是臀位產時。雖然睪丸扭轉很少見且在新生兒期疼痛不明顯，但屬外科急診。如扭轉存在，通過斑痕的分布和睪丸的硬度可鑒別睪丸扭轉還是單純性挫傷。若是鞘膜積液，腫塊是透光的。女嬰陰唇突出，可出現暫時性和非刺激性的粘液，偶爾呈血性的分泌物(假月經)，然而如有血塊時應加以檢查。陰唇系帶后可見一小腫物，認為是母親激素刺激所致，幾周后即消失。

　　體重

　　對大多數新生兒來說，生后頭幾日體重喪失5%~7%是正常且常見的。胎糞(一種粘性的墨綠色的東西，含有來自于吞咽的羊水中的胎毛和鱗狀上皮，以及腸分泌物)的排出，胎脂的脫落和臍帶的干燥均可引起一些體重喪失，但大多是由于排尿和不顯性失水引起。

　　臍帶

　　塑料臍帶夾應在24小時去掉以免對干燥的臍帶殘端造成過大的張力。每天用70%酒精涂擦臍帶殘端，以促進干燥，減少感染。臍部是感染侵入的佳途徑，是細菌殖民的第一個部位，因此應每日觀察臍部是否紅腫或有否滲出。臍部也常常是為控制感染所選擇的細菌培養部位。

　　包皮

　　包皮環切一般都是應父母要求，。在未經包皮環切的男嬰中尿路感染的發病率增加，常被某些人用來作為包皮環切的指征。包皮環切一般在生后頭幾天在局麻下實施。但若有尿道口移位，尿道下裂或任何其他的陰莖或龜頭畸形，應延遲手術。因為包皮可在以后供作整形修補之用。如果有血友病或其他出血性疾病家族史存在，或母親使用影響凝血機制的長效藥物，如抗凝劑或阿司匹林，應禁止手術。

　　皮膚

　　中毒性紅斑，常見的新生兒皮膚損害，是一種良性的自限性的皮膚紅斑，可發生在生后一周內的任何時間，但多見于第二日。常見于與衣服摩擦的手臂，腿，背部，面部少見。皮疹呈紅斑狀，中間有丘疹，丘疹可能會相當突出，丘疹內容物涂片賴特染色可發現有嗜酸性細胞。對嚴重病例，應尋找家族過敏史。如有家族過敏史，應避免使用洗劑，粉劑，香皂和塑料。

　　皮下脂肪壞死可發生在任何容易受到創傷或壓迫的骨性凸起部位，尤其是頭，頰和頸等分娩時使用產鉗的部位。損害處堅硬，孤立，分界清楚。損害可能穿破皮膚表面，流出清亮黃色無菌液體，壞死處可自行消散或用壓力面圈(pressue-doughnut)包扎后消散。

　　正常新生兒可出現輕度黃疸，但若在生后24小時內出現或足月兒的血清膽紅素濃度>12mg/dl(>205μmol/L)應引起注意(對早產兒和其他一些情況下，膽紅素濃度在較低水平時就應予以重視。

　　排尿

　　新生兒排出的第一次尿是濃縮的，常含有尿酸鹽，能把尿布染成粉紅色。生后24小時內不排尿，應作全面徹底的檢查。延遲排尿在男嬰多見，可能與包莖以及剛做完包皮環切術后龜頭水腫和腫脹有關。