1.病原治療
病毒性腸炎一般不需病原治療，可自愈。細菌性腸炎，好根據細菌藥物敏感試驗結果選用抗菌藥。
患細菌性痢疾時，因痢疾桿菌對常用抗菌藥廣泛耐藥，一般可選用復方磺胺甲基異唑(復方新諾明)、吡哌酸、慶大霉素、丁胺卡那霉素等。
空腸彎曲菌腸炎可用紅霉素、慶大霉素、氯霉素等治療。耶爾森小腸結腸炎桿菌腸炎一般應用慶大霉素、卡那霉素、復方磺胺甲基異唑、四環素、氯霉素等。
沙門菌腸炎輕型病人可不用抗菌藥，重型病人可用氯霉素或復方磺胺甲基異唑。侵襲性大腸桿菌性腸炎用新霉素、粘菌素和慶大霉素等治療，可獲良好效果。
阿米巴痢疾、雅爾氏鞭毛蟲和滴蟲引起的腸炎，可用甲硝噠唑(滅滴靈)治療。血吸蟲病可用吡喹酮治療。白色念珠菌腸炎以制霉菌素口服，療效較好。伴有全身性真菌感染者，則需應用二性霉素B治療。
2.對癥治療
補充液體及糾正電解質和酸中毒。輕度脫水而且嘔吐不重者，可口服補液，WHO推薦的口服液配方為氯化鈉，碳酸氫鈉，氯化鉀，葡萄糖或蔗糖,加水。
脫水或嘔吐較重者，可靜脈輸入生理鹽水、等滲碳酸氫鈉和氯化鉀溶液以及葡萄糖。
減少腸道蠕動和分泌性藥物。可小量應用阿托品、顛茄、普魯本辛以減輕腸道蠕動，可止痛及止瀉。
也可應用氯丙嗪，有鎮靜作用，并可抑制腸毒素引起的腸黏膜過度分泌，使大便次數及便量減少。
預后
急性腸炎一般預后良好。慢性腸炎經過及時適當的治療，預后良好。
預防
要加強鍛煉，增強體質。勿進食病死牲畜的肉和內臟。肉類、禽類、蛋類等要煮熟后方可食用。
不吃腐敗變質的食物，不喝生水，生吃瓜果要燙洗，要養成飯前便后洗手的良好習慣。加強食品衛生管理，變質及被沙門菌屬污染食品不準出售。
認真注意食品制作衛生，防止食品被污染。做好水源保護，飲水管理和消毒。
