多年來由于術語使用的混亂，在尿路感染的領域里誤解頗多。不少臨床醫生常常將有尿頻、尿痛的病人輕易診斷為“膀胱炎”， 如果患者同時伴有腰痛，則往往被認為感染已波及腎臟而診斷為“腎盂炎”或“腎盂腎炎”。這種只根據臨床表現作出的判斷是很不可靠的，事實上這些病人被證實有菌尿的還不到50%。因此，對有些尿路癥狀的病人首先應明確膀胱尿是否有細菌，只有在被證實為有意義的菌尿(significant bacteriuria) 時，才能診斷為尿路感染。
對發病不久、膀胱刺激癥狀明顯而無全身不適、感染局限于下尿路的患者，可診斷為膀胱炎;對伴有高熱等全身癥狀和劇烈腰痛的患者，可以認為感染已波及上尿路而診斷為腎盂腎炎。其他病人，如未經過特殊檢查確定感染部位，則以“尿路感染”這一診斷較為合適。
以往還常常將慢性尿路感染和“慢性腎盂腎炎”混淆，認為反復或持續發作的尿路感染即為“腎盂腎炎”它將導致腎臟的進行性破壞。近來，經過許多病例的長期隨訪，認為成年病人在X線檢查無異常發現時，雖然菌尿反復發作可帶來不少痛苦，但對腎臟除暫時影響濃縮功能外，并不會造成排泄功能的障礙。
所謂“慢性”或“萎縮性腎盂腎炎”是指腎臟萎縮、皮質瘢痕化、腎盞呈桿狀改變并有腎功能進行性障礙的病例，這些大多是幼年開始發病，反復感染而且合并有膀胱輸尿管返流的患者。在感染和返流的協同作用下，可造成腎臟的進行性破壞。其中更有一部分病人，即使在菌尿被控制以后，由于血管損害、免疫反應或其他不明的原因，腎臟的病變還可以繼續進行。
當尿路系統存在解剖、功能異常(如梗阻、結石等)或有腎外伴發病(如糖尿病、濫用含有非那西汀的止痛藥物、鐮形細胞病等)時，反復或持續發作的尿路感染將嚴重損害腎功能并可危及生命。這種情況，常稱為“復雜性尿路感染”。