重癥肌無力一般為慢性病程，具有緩解和復發的傾向，不同病人的病程可能有很大的不同，眼肌型病人可在20～30年內不出現其它肌肉受累的癥狀。延髓肌和呼吸肌受累的病人預后較差，但也可顯著緩解并持續數年之久。以急性暴發性起病者可在數周或數月內死亡。
病程末期，病員常臥床不起，明顯消瘦。文獻報告重癥肌無力死亡率為5.7%，肌無力危象病死率為15，4～50%，起病第一年殘廢率最高，反復感染，呼吸肌麻痹，激素治療不當，以及合并心肌損害突發心跳停止等均為死亡原因。
一般說來，以眼肌無力作為首發癥狀者，預后最好，合并甲亢、心肌病變時預后差。病程一年內出現肌無力危象預后不佳。全身型易發生肌無力危象，與預后密切相關。