脂肪肝也不是一種獨立的疾病，是由諸多原因造成的后果。在長期研究和臨床治療過程中，權威專家發現并總結了導致脂肪肝的六大“元兇”：
病因之一：高脂血癥高膽固醇血癥與脂肪肝關系密切，其中以高TG(甘油三酯)血癥關系最為密切，絕大多數常伴有肥胖、糖尿病和酒精中毒。
病因之二：長期酗酒酒精是損害肝臟的第一殺手。這是因為酒精進入人體后，主要在肝臟進行分解代謝，酒精對肝細胞的毒性使肝細胞對脂肪酸的分解和代謝發生障礙，引起肝內脂肪沉積而造成脂肪肝。飲酒越多，脂肪肝也就越嚴重，還可誘發肝纖維化，進而引起肝硬化。
病因之三：藥物性肝損害藥物性肝損害占成人肝炎的1/10，脂肪肝是常見類型。有數十種藥物與脂肪肝有關，如四環素、乙酰水楊酸、糖皮質類固醇、合成雌激素、胺碘酮、硝苯地平、某些抗腫瘤藥及降脂藥等，都可以導致脂肪在肝內積聚。
病因之四：營養過剩長期攝入過多的動物脂肪、植物油、蛋白質和碳水化合物，這些食物在體內不能被充分利用，過剩的營養物質便轉化為脂肪儲存起來，導致肥胖、高血脂和脂肪肝。
病因之五：糖尿病、肝炎、甲亢、重度貧血等慢性疾病糖尿病患者由于胰島素不足，身體對葡萄糖的利用減少，為了補充能量，體內脂肪酸顯著增加，這些脂肪 酸不能被充分利用，就會使肝臟的脂肪合成亢進，從而引起脂肪肝。60%肥胖患者會發生糖尿病，他們發生脂肪肝的比率較無糖尿病者要多2倍。
病因之六：營養不良肥胖者容易得脂肪肝，但并不是說瘦人就不會得脂肪肝。臨床上也常發現有的人很瘦但也患有脂肪肝，這是由于長期營養不良，缺少蛋白質 和維生素，同樣可引起營養缺乏性脂肪肝。如因患有慢性腸道疾病、長期厭食、節食、素食、吸收不良綜合征及胃腸旁路手術等原因，造成低蛋白血癥、缺乏膽堿、 氨基酸或趨脂物質，從而使肝內脂肪堆積，形成脂肪肝。
此外，某些工業毒物，如黃磷、砷、鉛、銅、汞、苯、四氯化碳等也可導致脂肪肝。妊娠、遺傳或精神、心理與社會因素，如多坐、少活動，生活懶散等也與脂肪肝發生有關系。