中醫學者認為子宮內膜異位癥主要病機在于邪氣內伏或精血素虧，更值經期前后沖任二脈氣血的生理變化急驟，導致胞宮的氣血運行不暢，“不通則痛”;或胞宮失于濡養，“不榮則痛”，放使疼痛發作。那么子宮內膜異位癥的具體病因是什么呢？
1、前列腺素
在腹腔內微‘環境因素中，腹腔液與子宮內膜異位癥患者病灶以及內生殖器官直接接觸，其量和所含的細胞成分及生物活性因子構成了腹腔內微環境，與輸卵管的運動密切相關。文獻報道，子宮內膜異位癥患者的腹水中所含異常物質可引起輸卵管拾卵障礙;腹腔液能使精于活動力減低，腹水中巨噬細胞增加，吞噬精子的作用亢進：這可能與腹水所含的大量前列腺素類物質有關，如PGF2a、PGE2、TXB2等與排卵、黃體功能及輸卵管運動關系密切。特別是腹水中的細胞因子如白細胞介素，被認為可能對受精，卵細胞分裂有重要影響。子宮內膜異位癥患者常伴有排卵功能障礙，可能是腹腔液中的前列腺素含量升高影響卵泡的生長和排卵。此外，腹腔液中酸性磷酸酶促進前列腺素合成，參與卵泡發育、卵巢激素分泌、排卵和黃體溶解過程，并影響輸卵管運動而導致不孕。
2、未破裂卵泡黃素化
koninckx等提出一種特殊種類的排卵功能障礙----位破裂卵泡黃素化綜合征常見于子宮內膜異位癥患者，可能是子宮內膜異位癥的發生原因。由于此病伴腹水，雌、孕激素濃度低，失去了對子宮內膜細胞的抑制，有利于子宮內膜細胞的種植。但此學說還未完全肯定。
3、高催乳素血癥學說與黃體功能不全
黃體功能不足也是子宮內膜異位癥患者不孕的原因之一，子宮內膜異位癥患者合并催乳素升高，催乳素有對抗促性腺激素的作用，抑制促卵泡生成素的分泌，可導致卵巢內促黃體生成素受體形成減少，致使卵巢對促黃體生成素不敏感，使黃體功能不全而影響受孕。