有明顯的腦膜刺激征出現以前應與一般非神經疾患相鑒別，包括上呼吸道感染、肺炎、消化不良、蛔蟲病、傷寒、手足搐搦癥等，此時做腰椎穿刺檢查腦脊液即可明確診斷。在出現腦膜刺激癥狀及體征后，甚至在腦脊液檢查后仍需與一系列中樞神經系統疾患相鑒別。

　　1、化膿性腦膜炎

　　其中最易混淆者為嗜血流感桿菌腦膜炎，因其多見于2歲以下小兒，腦脊液細胞數有時不甚高。其次為腦膜炎雙球菌腦膜炎及肺炎雙球菌腦膜炎。鑒別除結核接觸史、結素反應及肺部X線檢查可助診斷外，重要的還是腦脊液檢查，在細胞數高于1000×106/L(1000/mm3)，且分類中以中性多形核粒細胞占多數時，自應考慮化膿性腦膜炎;但更重要的是細菌學檢查。

　　2、病毒性中樞神經系統感染

　　主要是病毒性腦炎，病毒性腦膜腦炎及病毒性脊髓炎均可與結腦混淆，其中散發的病毒腦炎比流行性者更需要加以鑒別。

　　各種病毒性腦膜炎之診斷要點為

　　①常有特定之流行季節。

　　②各有其特殊的全身表現，如腸道病毒可伴腹瀉、皮疹或心肌炎。

　　③腦脊液改變除細胞數及分類與結腦不易鑒別外，生化改變則不相同，病毒性腦膜炎腦脊液糖及氯化物正常或稍高，蛋白增高不明顯，多低于1G/L(100mg/dl)。

　　④各種病毒性腦炎或腦膜炎有其特異的實驗室診斷方法，如血清學檢查及病毒分離等。

　　輕型病毒腦炎和早期結腦鑒別比較困難，處理原則是

　　①先用抗結核藥物治療，同時進行各項檢查，如結素試驗、肺X線片等以協助診斷。

　　②不用激素治療，如短期內腦脊液恢復正常則多為病毒腦炎而非結腦。

　　③鞘內不注射任何藥物，以免引起腦脊液成分改變增加鑒別診斷之困難。

　　3、新型隱球菌腦膜腦炎

　　其臨床表現、慢性病程及腦脊液改變可酷似結腦，但病程更長，可伴自發緩解。慢性進行性顱壓高癥狀比較突出，與腦膜炎其他表現不平行。本病在小兒較少見，故易誤診為結腦。確診靠腦脊液涂片，用墨汁染色黑地映光法可見圓形、具有厚莢膜折光之隱球菌孢子，沙保培養基上可有新型隱球菌生長。

　　4、腦膿腫

　　腦膿腫患兒多有中耳炎或頭部外傷史，有時繼發于膿毒敗血癥。常伴先天性心臟病。腦膿腫患兒除腦膜炎及顱壓高癥狀外，往往有局灶性腦征。腦脊液改變在未繼發化膿性腦膜炎時，細胞數可從正常到數百，多數為淋巴細胞，糖及氯化物多正常，蛋白正常或增高。鑒別診斷困難時可借助于超聲波、腦電圖、肺CT及腦血管造影等檢查。

　　5、腦腫瘤 但腦瘤與結腦不同處為

　　①較少發熱。

　　②抽搐較少見，即使有抽搐也多是抽后神志清楚，與晚期結腦患兒在抽搐后即陷入昏迷不同。

　　③昏迷較少見。

　　④顱壓高癥狀與腦征不相平行。

　　⑤腦脊液改變甚少或輕微。

　　⑥結素試驗陰性，肺部正常。為確診腦瘤應及時作腦CT掃描以協助診斷。

　　典型的結腦診斷比較容易，但不些不典型的，則診斷較難。不典型結腦約有以下幾種情況：

　　①嬰幼兒起病急，進展較快，有時可以驚厥為第1癥狀。

　　②早期出現腦實質損害癥狀，表現為舞蹈癥或精神障礙。

　　③早期出現腦血管損害，表現為肢體癱瘓者。

　　④同時合并腦結核瘤時，可似顱內腫瘤表現。

　　⑤其他部位的結核病變極端嚴重，可將腦膜炎癥狀及體征掩蓋而不易識別。

　　⑥在抗結核治療過程中發生腦膜炎時，常表現為頓挫型。對于以上各種不典型的情況，診斷需特別謹慎，防止誤診。