早期常無明顯癥狀，尿路造影也無異常，惟一重要的陽性發現只是尿內有少量紅細胞和膿細胞，此時尿內可查到結核分枝桿菌。隨著病情的發展，可出現下列癥狀：
1.膀胱刺激征
這是腎結核的典型癥狀。約80%病人尿頻，從3～5次/d逐漸增多至10～20次/d，這是由于含有結核分枝桿菌的膿尿刺激膀胱黏膜或黏膜潰瘍所致。晚期膀胱攣縮、容量很少，每天排尿次數可達數十次，甚至呈尿失禁現象。在尿失禁的同時有尿急、尿痛。
2.血尿
這是腎結核的另一重要癥狀，發生率約70%。一般與尿頻、尿急、尿痛等癥狀同時出現，多為終末血尿，嚴重時有血塊，是由于膀胱結核性炎癥、潰瘍在排尿時膀胱收縮所致出血。如在膀胱病變之前，腎臟結核出血，則表現為無痛性全程血尿。
3.膿尿
發生率約20%。尿液中有大量膿細胞，也可混有干酪樣物質。嚴重者呈米湯樣，也可為膿血尿。
4.腰痛
發生率約10%。早期一般無腰痛，但晚期結核性膿腎，可出現腰痛。如對側腎積水，則可出現對側腰痛。少數病人可因血塊或膿塊堵塞輸尿管而引起腎絞痛。
5.全身癥狀
貧血、低熱、盜汗、食欲減退、消瘦無力等。雙側腎結核或一側腎結核、對側腎積水，晚期可出現尿毒癥。部分腎結核病人可有高血壓，可能與腎小動脈狹窄導致腎素分泌增多有關。
一般認為，遇有下列情況應想到腎結核的可能：①有慢性膀胱刺激癥狀即尿頻、尿急、尿痛，而尿內又有蛋白和紅、白細胞者;②青年男性患者表現為慢性膀胱刺激癥狀;③逐漸加重的尿頻、尿急、尿痛或伴有血尿，經抗感染治療無效者;④尿液呈酸性，有膿細胞而普通培養無細菌生長者;⑤有肺結核或其他腎外結核病灶，尿液出現少量蛋白，鏡檢有紅細胞者;⑥體檢發現前列腺縮小、變硬，表面高低不平，附睪、精囊硬節或輸精管增粗，陰囊有慢性竇道者。
以上述表現對腎結核的診斷有很大幫助，然而尚需作進一步全面系統的檢查，以確定診斷。