乙肝病毒變異是持續存在的，乙肝患者在抗病毒治療時要注意監測乙肝病毒變異情況，根據乙肝病毒變異的情況調整治療方案。乙肝病毒變異的原因如下。
乙肝疫苗注射
乙肝病毒因素
乙肝抗病毒治療時，乙肝病毒會通過發生變異來避免藥物的作用，即乙肝病毒做選擇性變異而導致耐藥。如果乙肝患者在治療前乙肝病毒水平很高，其耐藥發生率會比較高;如果治療前乙肝病毒水平很低，那么用相同的藥其耐藥發生率就低，乙肝病毒耐藥的發生與治療前患者的病毒水平有關。
免疫因素
乙肝病毒變異和機體的免疫力有關系，機體免疫活化之后，有抗病毒的功能，此時病毒有免疫逃逸機制，避免機體對它產生攻擊，病毒常常通過變異獲得免疫逃避的機會，那病毒就很容易出現變異。此外還與個體的差異有關，如由母嬰傳播感染的乙肝患者，或是肥胖的、有大量抽煙飲酒習慣的男性乙肝患者，耐藥發生率會比較高。
并非所有的抗病毒治療的乙肝患者都會發生耐藥，一些耐藥發生率低的藥物，治療3~4年，只有少數患者發生耐藥。
藥物因素
由于藥物作用于特定的部位，持續作用會導致這個部位的核酸改變，使病毒對該藥物不再敏感，也就是耐藥性變異。藥物的耐藥發生率跟藥物抑制病毒的能力有關系，如果藥物抑制病毒的能力很強，一下子把病毒壓下去，病毒發生耐藥變異的機會就小。