一、小兒尿道下裂預防
出生缺陷是影響嬰兒和兒童健康的重要原因，影響出生人口的素質，目前對本癥尚無有效預防方法，為降低本癥發生率，預防措施參照其他出生缺陷性疾病，出生缺陷性疾病的預防應從孕前貫穿至產前，如：
1.婚前體檢在預防出生缺陷中起到積極的作用
作用大小取決于檢查項目和內容，主要包括血清學檢查(如乙肝病毒，梅毒螺旋體，艾滋病病毒)，生殖系統檢查(如篩查宮頸炎癥)，普通體檢(如血壓，心電圖)以及詢問疾病家族史，個人既往病史等，做好遺傳病咨詢工作。
2.孕婦盡可能避免危害因素
包括遠離煙霧，酒精，藥物，輻射，農藥，噪音，揮發性有害氣體，有毒有害重金屬等，在妊娠期產前保健的過程中需要進行系統的出生缺陷篩查，包括定期的超聲檢查，血清學篩查等，必要時還要進行染色體檢查，一旦出現異常結果，需要明確是否要終止妊娠;胎兒在宮內的安危;出生后是否存在后遺癥，是否可治療，預后如何等等，采取切實可行的診治措施，本癥由于環境污染，農作物大量使用化肥和促生長劑，尿道下裂在歐美報道有上升之勢，國家應下大力氣治理和防止環境污染問題。
二、先天性泌尿系畸形預防
先天性泌尿系畸形主要是先天性疾病，可能和遺傳因素、及孕期的情緒、營養等具有一定的相關性，故本病無法直接預防。早期發現、早期診斷、早期治療對預防本病具有重要意義。孕期應做到定期檢查，若孩子有發育異常傾向，應及時做染色體篩查，明確后應及時行人工流產，以避免疾病患兒出生。