生殖器皰疹潛伏期2-10日，平均為6日。發病部位男性為包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖。偶可見于尿道、前列腺和精囊，同性戀者可發生于肛門、直腸;女性則為外陰、大小陰唇、陰蒂、陰道、宮頸，也可發生于肛門、直腸及尿道。原發性感染的癥狀往往比較嚴重，水皰出現前接種部位常先有灼熱、瘙癢或感覺異常，女性白帶增多，隨之局部出現淡紅色斑或丘疹，在此基礎上迅速出現芝麻至綠豆大群集性緊張水皰，皰液開始較清，逐漸可變成混濁甚至程膿性。皰壁較薄，易破潰形成潰瘍面較大，自覺疼痛，觸動后更明顯。
復發性生殖器皰疹的臨床表現：常發生于原發性生殖器皰疹后1-3個月內。由HSV-2感染引起者復發率較高，發作的頻率也較高。第1次感染后1年內約60%的患者復發，第1年的發作次數為4-6次，有些多達10次以上。復發性生殖器皰疹的癥狀，比原發性生殖器皰疹輕。復發性生殖器皰疹可合并骶骨神經根病：表現為臀部或股部疼痛或感覺異常、尿潴留、陰莖不能勃起等。其它合并癥還有直腸炎、前列腺炎、尿道炎綜合征等。婦女發生宮頸癌的危險性比一般婦女大5-10倍。