生殖器皰疹是是有1型或2型單純皰疹病毒引起的。典型的生殖器皰疹，不難診斷。若臨床表現不明顯、不典型就需要借助實驗室檢查，其中包括細胞學檢查、病毒分離和鑒定、血清學方法和抗原檢測法。生殖器皰疹常用實驗室檢查方法分述如下：
一、細胞學檢查：挑取泡液或從皰底潰瘍面刮取少量皮損進行涂片，通過Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，尋找大的多核巨細胞和多核巨細胞核內嗜酸包涵體。但此方法不能區別HSV感染或水痘-帶狀皰疹病毒感染等相關皰疹病毒類疾病，只有在急性期水皰出現時才可能得出陽性結果。一般作為初篩試驗。
二、免疫細胞化學檢查：通常用皮損細胞涂片，經特殊處理后在熒光顯微鏡下觀察檢測抗原，生殖器皰疹病毒感染細胞可見亮綠色熒光。
三、病毒分離：通常用棉拭子從發病1-3天內的水皰底部取得標本，用人胚成纖維細胞、人羊膜細胞、腎細胞等進行病毒分離培養、再通過免疫熒光法鑒定、加以確認。其分離成功的前提是取材的準確和盡快接種，由于其操作復雜，費用昂貴，技術條件要求高，目前尚不能普遍使用。
四、抗體檢測法：HSV抗體檢測不能作為生殖器皰疹診斷的依據。但情況下，如判斷是否曾經感染過HSV;癥狀不典型的感染者;評估生殖器皰疹患者配偶所生新生兒的感染風險以及單純皰疹預防接種時可能得到的成功率。這時應用酶聯免疫吸附試驗(ELISA)檢測血清中HSV-1和HSV-2 IgM/IgG抗體。
五、基因檢測法：用PCR熒光定量法檢測皮損的HSV-Ⅱ-DNA。能直接檢測出生殖器潰瘍性疾病患者損害部位的HSV-2病原體，敏感性和特異性高，大大提高生殖器潰瘍病人中HSV確診的能力。其費用較昂貴，且操作技術、實驗室條件和設備的要求也較高。
這些方法對實驗室診斷的實驗條件及技術都要求很高，只有設備條件好的實驗室才可進行。那些情況下選擇什么檢測方法，得出結論如何解釋一定要聽取專業醫師的意見。