我國為預防胎兒畸形、先天缺陷兒的出生，采取三級預防措施。一級預防是在懷孕前，重點是進行婚前醫學檢查和孕前保健，盡量減少因準爸爸、準媽媽某些疾病、營養不良或者不良嗜好所引起的出生缺陷。
患上此類疾病者，治愈后才能孕育下一代。生殖道感染性疾病也是導致胎兒畸形、早產等發生的重要原因，妊娠前也應予以治療徹底。二級預防是孕婦懷孕后應立即建立圍產保健卡，定期檢查，這樣能早期發現畸形胎兒，可及早終止妊娠。
重點是進行產前篩查和產前診斷。三級預防就是新生兒出生后發現畸形予以矯正。此外，如果想要寶寶，夫妻二人要提前做好充分準備，采取以下預防措施，在雙方身體處于最佳狀態時懷孕，不要盲目懷孕。
盡量不接觸有毒的化學物質，如有機磷、有機氯、有機汞、砷、苯、一氧化碳、重金屬鉛、福等。避免接觸放射線，如醫用放射線、放射線核素、微波。避免感染病原體。
引起孕婦感染的病原體很多，如細菌、病毒、弓形體等。預防碘缺乏。孕婦缺碘可以引起胎兒早產、死產、先天愚型、地甲病等。孕期慎用藥。孕服用藥要特別小心，已婚婦女一旦月經過期，就要想到妊娠的可能，盡量不用藥，更不能隨便用藥。
確實需要治療者，一定要在醫生指導下，選擇對胎兒無影響的藥物。合理飲食。注意蛋白質、脂肪、碳水化合物三大營養素的平衡攝入，不要有偏重，還需要補充維生素和礦物質，特別是葉酸。
不食含亞硝基化合物的食品，如腌菜、酸菜等。這些食品不僅有致癌作用，還可以誘發胎兒畸形。不抽煙飲酒，以免胎兒發育不良、畸形、智力低下。孕早期是胎兒大部分器官形成的關鍵時期，胎兒器官是否有畸形主要取決于遺傳與環境。
遺傳因素我們無法改變，而環境因素，比如細菌病毒感染、藥物、射線、煙酒等不良因素我們卻可以盡量避免，以好的內外環境預防胎兒畸形。