慢性腎盂腎炎根據其臨床表現可分為血尿型、高血壓型和隱匿型，應分別與引起血尿的其他疾病、高血壓病、無癥狀菌尿等相鑒別。通過詳細詢問病史，觀察腎和尿路癥狀、體征以及反復做尿常規、細胞和細菌學檢查，必要時作腎X線檢查等。非感染性慢性間質性腎炎起病隱匿，臨床表現多樣，尿與腎功能化驗與慢性腎盂腎炎相似，易混淆。
非感染性慢性間質性腎炎的特點
1.有較長期尿路梗阻或有長期接觸腎毒性物質史;
2.有腎小管功能障礙;
3.氮質血癥，但無水腫和高血壓病史;
4.輕度蛋白尿，進一步檢查為腎小管性蛋白尿;
5.靜脈腎盂造影可見雙側腎影不等，外形不規則，可有腎盞變形;
6.腎圖、核素掃描或B超顯像，可顯示雙側腎臟病變不相等。
慢性腎盂腎炎與其不同的主要表現
慢性腎盂腎炎與其不同的主要表現為尿路刺激癥狀、間歇性真性細菌尿;靜脈腎盂造影有慢性腎盂腎炎征象，即局灶的、粗糙的皮質瘢痕，伴有鄰近的腎小盞變鈍或呈鼓槌狀變形。腎盂有時亦可變形，有擴大、積水現象。如鑒別仍有困難，可考慮作腎活檢，有助于確診或排除其他慢性腎臟疾病。