急性腎盂明炎通常會有典型的癥狀，例如表現為尿液異常，易于被發現，診斷不難。如僅有高熱而尿路癥狀不明顯者，應與各種發熱疾病相鑒別。腹痛、腰痛明顯者要與膽囊炎、闌尾炎、盆腔炎、腎周膿腫等鑒別，經多次小便檢查后即能明確診斷。

　　慢性腎盂腎炎的泌尿道癥狀不明顯，尿常規無明顯改變或尿液異常間歇出現，易被誤診。在女性，凡有不明熱、腰酸、乏力、輕度泌尿道癥狀者無應考慮本病的可能性。須反復檢查尿常規及培養及尋找證據，伴高血壓的慢性腎盂腎炎需與高血壓病鑒別。此外，尚需與下列諸病鑒別。

　　鑒別診斷：

　　如僅有高熱而尿路癥狀不明顯者，應與各種發熱疾病相鑒別，腹痛，腰痛明顯者要與膽囊炎，闌尾炎，盆腔炎，腎周膿腫等鑒別，一般經多次小便檢查后即能明確診斷，慢性腎盂腎炎的泌尿道癥狀不明顯，尿常規無明顯改變或尿液異常間歇出現，易被誤診，在女性，凡有不明熱，腰酸，乏力，輕度泌尿道癥狀者無應考慮本病的可能性，須反復檢查尿常規及培養及尋找證據，伴高血壓的慢性腎盂腎炎需與高血壓病鑒別，此外，尚需與下列諸病鑒別。

　　腎結核：泌道生殖道結核常同時伴發，它是最常見的肺外結核，多系血行性感染，急性期有發熱(低熱)，盜汗乏力，腰痛，尿頻，尿急，尿痛，血尿等癥狀，約20%病例可無臨床表現，又稱寂靜型尿感，數年后腎實質破壞，結核的肉芽腫，干酪樣變先累及髓質，乳頭區，繼而乳頭壞死，腎盂腎盞變形，皮質變薄，偶可累及腎周圍組織，后期腎功能受損，膀胱攣縮，肺部X線檢查，前列腺，副睪，盆腔結核的檢出有助于此病的診斷，尿液檢查有血尿(鏡下血尿或肉眼血尿)，膿尿，陽性皮膚試驗(PPD)，尿結核培養，檢出率高達90%以上，而靜脈腎盂造影僅能發現較晚期的病例，近年來多聚酶聯反應(PCR)法檢測尿結核桿菌的脫氧核糖核酸已廣泛應用于診斷中，其特異性，陽性率高達95%。

　　慢性腎小球腎炎：如有浮腫，大量蛋白尿則鑒別不難，腎盂腎炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，若大于3g則多屬腎小球病變，但本病與隱匿性腎炎較難鑒別，后者尿常規中有較多紅細胞，而腎盂腎炎則以白細胞為主，此外，尿培養，長期觀察患者有無低熱，尿頻等癥狀亦有助鑒別，晚期腎炎繼發泌尿道感染，鑒別困難，此時可詳細病史，結合臨床特點加以分析。

　　前列腺炎：50歲以上的男性因有前列腺增生，肥大，放置導尿道管，膀胱鏡檢等易得此病，急性前列腺炎除畏寒發熱，血白細胞總數升高外，腰骶和會陰部疼痛，以致從立不安，尿頻，尿痛，尿液檢查有膿細胞，與急性膀胱炎易相混淆，慢性前列腺炎除尿檢異常外臨床癥狀多不明顯，前列腺按摩得到的前列腺液檢查，白細胞數>10個/HP，B超前腺有助于鑒別診斷。