卵巢早衰的確切病因，目前尚不十分清楚，但是與下列因素有關聯
①遺傳因素：X染色體缺失或畸變可導致已形成的卵泡萎縮退化。
②免疫因素：卵巢早衰常并發甲狀腺炎、系統性紅斑狼瘡、類風濕性關節炎。此時，患者外周血中有抗卵巢抗體，抗體與卵巢中相應細胞結合后會損傷卵泡而致使卵巢功能衰竭。
③醫源性因素：40歲以前，切除雙側或一側卵巢，可造成卵巢組織缺如或減少，以及放療、化療均可損傷卵巢，最終導致卵巢早衰。過去認為切除一側卵巢后，對側卵巢可以維持正常的內分泌功能。近年的研究發現，切除一側卵巢后，卵巢分泌的性激素水平下降，骨質疏松及更年期癥狀出現的機會較其他女性增加。3.反復多次的人工流產，容易誘發卵巢早衰。
④感染：兒童期病毒性腮腺炎可能引起早期嚴重的卵巢損害;嚴重的感染如輸卵管、卵巢膿腫，可破壞卵巢組織，導致卵巢早衰。
⑤垂體功能異常：促性腺激素過度刺激，可加速卵泡閉鎖，使卵泡消耗過多。
⑥特發性卵巢早衰：一種無明確致病因素的繼發性過早閉經，染色體核型為46XX，通常測不到自身免疫抗體，為卵巢早衰的最常見類型，多在育齡期發病，出現漸進性或進行性月經稀少，然后閉經并伴有潮熱、煩躁、內外生殖器逐漸呈現萎縮狀態。