腎盂腎炎是常見的泌尿系統感染性疾病，若診斷或治療不恰當及有可能發生敗血癥、腎膿腫及腎周膿腫、急性腎衰竭等并發癥，發生以上并發癥時應積極檢查并治療，以免產生嚴重后果。
1、敗血癥
疑診為敗血癥時應作血、尿培養以確定病原體，按藥物敏感試驗選用抗菌藥物。血源性敗血癥引起的急性腎盂腎炎，多數由金黃色葡萄球菌所致，首選苯唑西林或萘夫西林，必要時加慶大霉素(5日～7日)，也可單用萬古霉素。如屬腎源性敗血癥多由大腸桿菌屬所致，首選阿莫西林、阿洛西林、頭孢曲松、頭孢噻肟、頭孢哌酮，或兩類藥物合用;必要時加用氨基糖苷類抗生素短期使用。一般用藥2周，癥狀完全消失后改半量再用1周。
腎盂腎炎的并發癥要預防
2、腎膿腫及腎周膿腫
腎盂腎炎患者易并發腎膿腫及腎周膿腫，膿腫較大者應切開引流，已形成膿腎者應作腎截除。抗菌藥物選用與敗血癥相同，至膿腫消失后再用藥1周。
3、急性腎衰竭
腎盂腎炎患者常并發急性腎衰竭，如血源性腎盂腎炎所致急性腎衰竭，常伴有敗血癥，可發生血容量不足性休克，內毒素性休克;腎源性腎盂腎炎也可形成尿路敗血癥，同樣可導致休克，發生急性缺血性腎衰竭，后者約半數伴有尿路梗阻，也可發生梗阻性急性腎衰竭。急性腎衰竭的防治原則為：補充有效血容量，保持體液平衡;糾正電解質紊亂;糾正酸堿失衡;積極控制感染;全靜脈營養及氨基酸療法;血液凈化治療。