1、遺傳因素，尿道下裂發病有一定的家族傾向，多為隱形基因遺傳，但所涉及的基因或染色體的具體情況尚不清楚。多數患者父子或兄弟，特別是孿生兄弟同患此病的。

　　2、激素影響，胎睪中產生的激素是影響男性外生殖器的形成的因素。孕期第8周開始，絨毛膜促性腺激素刺激睪丸間質細胞(leydigs cells)產生睪酮，再轉化成雙氫睪酮。而雙氫睪酮影響外生殖器的發育。若睪酮產生不足、過遲，或者睪酮轉化過程中出現異常均可導致生殖器畸形。尿道下裂常伴發于隱睪、兩性畸形。母親孕前、孕期的激素應用也對對胎兒生殖系統的發育也有一定的影響。

　　3、環境因素，母親和胎兒的內分泌系統也影響著尿道發育形成。

　　(二)發病機制

　　1、胚胎學，尿生殖竇的腹側在胚胎第6周時出現一個突起，為生殖結節。生殖結節的尾側正中線上的一條淺溝，為尿道溝。尿道溝兩側隆起部分為尿生殖褶。胚胎第7、8周開始向男性或女性分化。在雙氫睪酮的作用下，男性生殖結節增長形成陰莖，尿生殖竇下段伸入陰莖并開口于尿道溝，之后尿道溝兩側的尿生殖褶由近端向遠端相互融合，最終形成尿道，此時尿道外口移到陰莖頭冠狀溝部。在陰莖頭頂部，外胚層向內生長出一個細胞索，細胞索中央與尿道溝相通，使尿道外口移到陰莖頭頂端。第12周時，陰莖頭處形成皮膚反折，稱為包皮。生殖結節內的間質分化為陰莖海綿體及尿道海綿體。由于內分泌的異常或其他原因導致胚胎期尿道溝融合不全，即形成尿道下裂。

　　2、病理改變，尿道下裂病理表現主要是陰莖彎曲和尿道開口的異常。

　　(1)陰莖下曲：陰莖下曲多是尿道下裂的一個重要病變。不伴尿道下裂的陰莖下曲是一種較少見的特殊類型，稱原發性陰莖下曲。這種原發性陰莖下曲有兩類：一類是有正常尿道海綿體，另一類是尿道發育不全，約占1/3。前者表現為陰莖松弛時正常，龜頭被包皮環繞，陰莖勃起時下曲，側面觀可見到90°彎曲。后者表現為尿道開口位于龜頭正常位置，但包皮沒有完全環繞，陰莖腹側包皮短少，覆蓋尿道的皮膚很薄，一段尿道無尿道海綿體，人工勃起時下曲存在。尿道有部分發育不良，可以認為它是一種隱性的尿道下裂，或稱為先天性尿道縮短，一旦糾正陰莖下曲，則尿道口移向陰莖腹側近端形成尿道下裂。陰莖下曲通常在尿道下裂開口與陰莖頭間區域形成一條硬纖維索或一個纖維化的扇形區域，因此造成陰莖的伸展困難。重度的尿道下裂纖維索較嚴重。另外造成陰莖下曲的一個重要因素是包皮、Buck筋膜、肉膜與尿道下裂的尿道口周圍粘連、纖維化。

　　(2) 尿道開口異常：尿道下裂表現為尿道開口異常。位置異常和開口狹窄為尿道開口異常的主要表現。開口異常產生一個向陰莖腹側偏斜和散開的尿流，因此尿流難以控制，造成患兒難以站立排尿。不同類型的尿道下裂，開口異常有不同的表現。通常分為陰莖體型、陰莖陰囊型、陰囊型或會陰型尿道下裂。