正常排卵周期的建立需下丘腦—垂體—卵巢軸功能正常。其中任何一個部位功能障礙都可能導致不排卵，因而引起無月經、月經稀發、功血等，進行可能導致不孕癥，由于這種內分泌原因導致的不孕癥即內分泌失調性不孕。那么怎么進行治療呢?
一、促排卵治療。促排卵藥物種類繁多，通過不同機理產生效果。常用的促排卵藥物有克羅米酚、人類絕經期促性腺激素、促卵泡生長激素、促性腺激素釋放激素，這些藥物的使用應是慎重的，要在醫生指導下使用。如果應用不當，不但不能達到治療效果，有時還會導致多胎妊娠、流產，甚至發生卵巢過度刺激綜合征(這是一種可以導致胸水、腹水，肝、腎功能損害的嚴重疾病)。
二、B超監測排卵。在應用促排卵藥后或自然周期中，最好采取B超檢測排卵。即在月經周期第8—10天開始，觀察優勢卵泡的出現和發育，一直到排卵時，卵泡直徑約20毫米—24毫米(正常范圍是14毫米—28毫米)，每個人在不同的月經周期卵泡的最大直徑大多相同。卵泡直徑小于17毫米，則妊娠的可能性很小。同時超聲監測還可以清晰觀察子宮內膜的厚度和形態，對預測妊娠有一定的作用。
三、加強黃體功能。部分內分泌性女性不孕是由黃體功能不足所致的，也有部分患者在應用促排卵治療后需要加強黃體功能，常用的藥物是天然黃體酮、絨毛膜促性腺激素等。
四、預防流產。患者治療后妊娠，其發生流產的幾率也很高，適當應用黃體酮、絨毛膜促性腺激素等治療可以降低其流產率，用藥要選擇對胎兒安全并且有效的保胎藥物。
五、對有合并有內科內分泌紊亂性疾病的患者，還要接受內科的治療，在內分泌狀態相對良好的時期懷孕，可以減少流產率及孕期并發癥的發生。