衣原體感染能夠引起許多疾患。其中對泌尿系統的感染常被稱為非淋菌性尿道炎。在非淋的病原體檢測中，沙眼衣原體的發現率占到了40%-60%。

　　男性非淋菌性尿道炎(NGU)最常見的病原菌是沙眼衣原體。在美國異性戀男性中沙眼衣原體陽性率達40%，每年約有60萬男性患者呈持續性或復發性NGU，同時發現沙眼衣原體宮頸炎婦女其男性性伴侶的感染率為42%，患衣原體尿道炎的男性其女性性伴侶的感染率為62%，無癥狀的沙眼衣原體感染在性活躍的男人間傳播率更高。

　　引起男性不孕癥的因素很多，但最近發現從無生殖力的膿性精液及男子性腺活檢標本中分離出沙眼衣原體，進一步提示和證明了沙眼衣原體引起男性不孕癥的可能性。有人對淋病感染癥的男性患者進行觀察，發現體內有高效價的抗衣原體抗體，衣原體陰性淋菌尿道炎者亦有高價抗衣原體抗體，并發現65-85%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原體引起。

　　附睪炎是男性NGU最主要的并發癥，在年輕的性活躍的男性附睪炎患者中，45-60%是由沙眼衣原體引起。大多數病人有尿道癥狀或體征，尿道標本和附睪吸取液中可分離到衣原體。

　　沙眼衣原體性子宮頸炎在女性衣原體感染中最多。因為感染只發生于子宮頸的柱狀上皮，而不感染陰道的鱗狀上皮，故不造成陰道炎。英國去性病門診就醫的婦女衣原體培養陽性率為20-30%，微量免疫熒光法檢測血清抗體達60%。淋病患者的宮頸炎標本衣原體陽性率為30-35%，伴不典型宮頸炎或無癥狀衣原體宮頸感染為3-5%，說明衣原體隱性感染率和混和型感染率相當高，對宮內避孕器的應用者進行測定，發現由避孕器引起的盆腔炎癥中大部分是由衣原體感染所致。在男性NGU患者配偶的宮頸中有30-60%分離出衣原體。在與感染的男性性交后約33-49%的宮頸衣原體感染的陽性患者并不表現任何癥狀，但持續存在于宮頸基層上皮細胞內的衣原體抗原可干擾宿主細胞DNA使之發生惡變。

　　研究表明，在腹腔鏡直視下采取受侵輸卵管液檢查中發現衣原體陽性率在30%左右、并發現，有40%左右的輸卵管炎是由沙眼衣原體引起的，且衣原體感染的孕婦容易發生流產，而流產后多數又引起輸卵管炎。許多臨床衣原體感染的婦女數年后出現不孕或宮外孕、并發現輸卵管梗阻所致宮外孕，宮外孕和生育力低下者中沙眼衣原體抗體陽性占81%。

　　沙眼衣原體的感染可引起男、女性急性尿路綜合癥，在發達國家，沙眼衣原體引起的女性尿道炎的趨勢正在不斷地增加，并且正在年輕化，應引起全社會的關注。

　　我國沙眼衣原體感染屬于近年的事，由于臨床上較多的泌尿生殖系感染查不出病因，故引起專家們對衣原體感染的臨床研究。從1989年我國從14例性亂婦女宮頸標本中分離培養出沙眼衣原體以來，越來越多的研究表明在性活躍期的性亂及正常家庭中，沙眼衣原體的泌尿生殖道感染率在5-25%之間，特別是家庭成員之間的傳播更應引起重視，不少兒童性NGU是由沙眼衣原體的感染引起的。

　　應該說明一點：當今有些所謂NGU與性行為并無關系，如醫源性感染(尿道插管、膀胱鏡以及外傷或化學性刺激等)。還有所謂NGU并非是由衣原體性微生物所致，在含義上應該與NGU加以區別，因為病原體不同，而傳播途徑也有所不同，故醫生在診治中要心中有數。