小兒肥胖的原因也和成年人肥胖的原因一樣，分為單純性肥胖和繼發性肥胖兩種。繼發性肥胖指的是有明確病因的肥胖，只占所有肥胖的1%。小兒肥胖的99%以上都屬于單純性肥胖，也就是沒有明確病因的肥胖。
科學家對單純性肥胖的發生原因進行了大量的研究，比較明確的有：
⑴遺傳因素
父母有一方肥胖的，子女肥胖的可能性有32～34%;父母雙方均為肥胖的，子女肥胖的發生率上升為50～60%。另一方面，72%的胖孩子，父母中有至少一人也有肥胖。而且目前已經找到了多種與肥胖有關的遺傳基因。
⑵進食過多、營養過剩
肥胖的孩子往往進食大量的高脂肪飲食、甜食，尤其是無限制地吃零食、喝甜飲料，這些都會引起肥胖。
⑶運動過少
目前，孩子的學習負擔越來越重，加上父母望子成龍心切，給孩子增加許多課外學習，比如音樂、美術、外語等等，擠掉了孩子大量的活動時間。另外，即使是課外活動，也是體力活動越來越少，靜止活動越來越多，如看電視、玩游戲機等，這些都會讓孩子減少活動、增長脂肪。胖孩子就不愛運動，不愛運動的孩子就變得更胖，結果造成惡性循環。
⑷社會心理因素
尤其是家長對小兒肥胖的錯誤認識，最容易造就出一個肥胖的孩子。另外，有研究表明，孩子如果功課壓力過重，或是學習成績不理想，精神長期緊張，就會有意無意地拚命多吃零食，借以緩解精神緊張的狀態，長此以往，就會出現肥胖。所以，對孩子的肥胖，應該從多方面尋找原因，有針對性地進行治療。
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