1.器質性受阻
腸管內發生狹窄或腸管外受到壓迫時，如腸管良性和惡性腫瘤、慢性炎癥所引起的腸腔狹窄變小、巨結腸癥引起的直腸痙攣狹窄、手術后并發的腸粘連、部分性腸梗阻等，或腹腔內巨大腫瘤，如卵巢囊腫、子宮肌瘤，以及妊娠、腹水壓迫大腸等，可控糞便通過受到障礙，在腸管內停留時間過長，形成便秘。近年來通過排便造影、肛腸測壓、結腸傳輸時間測定、盆底肌電圖等技術檢查手段，發現了新的便秘類型，稱出口處梗阻型便秘(或盆底肌功能不良)。特點是排便時盆底出口處出現梗阻因素，其中有些可經外科手術消除或緩解。
2.大腸病變
如過敏性結腸炎、大腸憩室炎、先天性巨結腸等疾病可引起大腸痙攣、運動失常，使糞便通過不暢而發生便秘。
3.藥物影響
服用碳酸鈣、氫氧化鋁、阿托品、普魯本辛、嗎啡、苯乙哌定、碳酸鉍等及鉛、砷、汞、磷等金屬中毒都可引起便秘。長期濫用瀉藥，使腸壁神經感受細胞的應激性降低，即使腸內有足量糞便，也不能產生正常蠕動及排便反射，因而導致頑固性便秘。
4.精神因素
精神上受到強烈刺激、驚恐、情緒緊張、憂愁焦慮或注意力高度集中某一工作時會使便意消失，形成便秘。
另外還有神經系統障礙、內分泌紊亂、維生素缺乏等亦可引起便秘。