小兒便秘可分為習慣性和器質性便秘。習慣性便秘又稱功能性便秘，主要是飲食結構不合理或缺乏讓孩子按時大便的訓練，現在的家長認為孩子在長身體時應該多吃高蛋白、高熱量、營養好的食物，平時很少讓孩子吃蔬菜一類食品，而缺少纖維素，使腸蠕動減慢，造成大便干燥而次數減少。另外，生活無規律或有便意，坐便盆時，思想不集中看書報、貪玩等均可使排便困難。有的小兒因大便秘結排便時肛門裂門，出血疼痛，因怕痛而不愿排便就形成惡性循環。器質性便秘，自出生時即開始便秘要注意有無先天性疾病，如先天性巨結腸和先天性無肛或肛門狹窄等，如遇以上疾病，應針對治療均能緩解便秘。
中醫認為便秘主要與大腸傳導失常且和脾胃肝腎等臟腑功能失調有關，發病原因主要是過食辛辣肥甘之品，或熱病之后余熱留戀腸胃，引起胃腸積熱，津液耗傷，傳導失潤，或因病中過用燥熱、發汗之劑等耗傷陰津，腸道干澀所致等均可引起便秘。
以高熱量、高蛋白的儀器為主，糾正的方法是家長應糾正孩子的飲食結構，應多吃青菜、芹菜、蘿卜等粗纖維之類食品，同時要及時補充足夠的水分。有的小兒排便沒有規律甚至在排便時貪玩或害怕肛門疼痛而不愿排便，其家長應培養孩子每天定時排便，養成自行排便的習慣。每天早晨起床時可以給孩子喝鹽開水，保持腸道滋潤，在排便前10分鐘可以按摩腹部100次，使增加腸功能蠕動而順利排便，平時要多讓孩子參加戶外體育鍛煉增強腹肌力量。如嬰幼兒大便不通暫時可采用肥皂頭、開塞露、甘油栓塞入肛門導便，同時可用中醫中藥療法，滋陰潤腸，消積導滯的方法，煎服中藥或吞服丸藥，如麻仁丸、潤腸丸、王氏保赤丸等，平時多吃水果如西瓜、梨等增加腸道的水分而使排便通暢。