兒童慢性咳嗽的處理原則是明確病因，針對病因進行治療。如病因不明，可進行經驗性對癥治療以期達到有效控制;如果治療后咳嗽癥狀沒有緩解，應重新評估。鎮咳藥物不宜應用于嬰兒。

　　一、藥物治療

　　① 祛痰藥物：慢性咳嗽如伴有痰，應以祛痰為原則，不能單純止咳，以免加重或導致氣道阻塞，可以選用N-乙酚半胱氨酸、鹽酸氨澳索、愈創木酚甘油醚、桃金娘油和中藥祛痰劑等。

　　② 抗組胺藥物：如氯苯那敏、氯雷他定、西替利嗦等。

　　③抗菌藥物：明確為細菌或肺炎支原體、衣原體病原感染的慢性咳嗽者可考慮使用抗菌藥物。肺炎支原體或衣原體感染者可選擇大環內醋類抗生素，包括紅霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。其他病原菌感染在初始經驗治療后，如需調整抗生素，應按藥敏試驗結果選用。

　　④ 平喘抗炎藥物：包括糖皮質激素、β2受體激動劑、M受體阻斷劑、白三烯受體拮抗劑、茶堿等藥物。主要用于CVA、EB、過敏性鼻炎等的針對性治療。糖皮質激素治療2-4周后要再評估。感染后咳嗽一般可自行緩解，對癥狀嚴重者可考慮短期使用吸入或口服糖皮質激素、白三烯受體拮抗劑或M受體阻斷劑。

　　⑤ 消化系統藥物：主張使用H受體拮抗劑如西咪替丁和促胃動力藥如多潘立酮等。

　　⑥ 鎮咳藥物：慢性咳嗽尤其在未明確病因前不主張使用鎮咳藥，且該類藥物的使用與一些疾病的發病率和死亡率有關，美國兒科學會警示，可待因禁用于治療各種類型的咳嗽。非那根的鎮靜作用有可能誤導家長，應用該藥減少孩子的吵鬧而忽視了該藥的不良反應，包括煩躁、幻覺、肌張力異常，甚至呼吸暫停、嬰兒猝死。不良反應在嬰兒中表現明顯，致WHO提出警告：非那根禁用于2歲以下兒童，禁止作為鎮咳藥物。

　　二、非藥物治療

　　注意去除或避免誘發、加重咳嗽的因素。避免接觸過敏原、受涼、煙霧的環境;對鼻竇炎可進行鼻腔灌洗、選用減充血藥;體位變化，改變食物性狀，少量多餐等對 GERC有效;對氣道異物者則應及時取出異物;藥物誘發性咳嗽最好的治療方法是停藥;對心因性咳嗽則可給予心理療法;及時接種疫苗，預防呼吸道傳染病和呼吸道感染。

　　三、小兒推拿治療

　　小兒推拿治療是指通過中醫推拿療法來治療小兒咳嗽相關癥狀。目前比較知名的小兒推拿診所有上海康堯小兒推拿、青島小兒推拿、北京玉明小兒推拿。