引起慢性萎縮性胃炎的病因和發病機制目前尚不十分清楚。一般認為在免疫因素、膽汁反流、生物因素、藥物因素以及急性胃炎、口腔和鼻咽感染等的影響下，加之情志失調、飲食不節、過度疲勞、失眠、受涼等，引起胃粘膜慢性炎癥，使胃粘膜表面反復受到損害，久之導致胃分泌腺體萎縮，胃粘膜變色、變薄、血管顯露，胃酸分泌減少，消化功能減弱，胃蠕動功能失調等，從而形成慢性萎縮性胃炎。

　　1、慢性淺表性胃炎的繼續

　　慢性萎縮性胃炎可由慢性淺表性胃炎發展而來。慢性淺表性胃炎的病因均可成為慢性萎縮性胃炎的致病與加重因素。

　　2、遺傳因素

　　慢性萎縮性胃炎病人的第一代親屬間，慢性萎縮性胃炎的發病率明顯增高，惡性貧血的遺傳因素也很明顯。有親戚關系的發病率比對照組大20倍，說明慢性萎縮性胃炎可能與遺傳因素有關。

　　3、金屬接觸

　　鉛作業工作者胃潰瘍發病率高，胃粘膜活組織檢查發現萎縮性胃炎發病率也增高。稱之為排泄性胃炎。除鉛外很多重金屬如汞、碲、銅及鋅等對胃粘膜都有一定的損傷作用。

　　4、放射

　　放射治療潰瘍病或其他腫瘤，可使胃粘膜損傷甚至萎縮。

　　5、缺鐵性貧血

　　很多事實說明缺鐵性貧血與萎縮性胃炎關系密切，但是貧血引起胃炎的機理仍不明確。有些學者認為胃炎是原發病，因為胃炎胃酸低致鐵不能吸收，或因胃出血以致形成貧血;另一種意見認為先有貧血，因為身體內鐵缺乏使胃粘膜更新率受影響而容易發生炎癥。

　　6、生物性因素

　　慢性傳染病如肝炎、結核病等對胃的影響也引起了人們的注意。慢性肝病患者常有慢性胃炎的癥狀和體征，胃粘膜染色也證實在乙肝病人胃粘膜內有乙肝病毒的抗原抗體復合物。瑞金醫院報道91例萎縮性胃炎病人，有24例(26.4%)合并慢性肝炎。所以慢性傳染病特別是慢性肝病對胃的影響值得注意。

　　7、膽汁或十二指腸液反流

　　由于幽門括約肌功能失調或胃空腸吻合術后，膽汁或十二指腸液可反流至胃內，并破壞胃粘膜屏障，促使H+及胃蛋白酶反散至粘膜內引起一系列病理變化，從而導致慢性淺表性胃炎，并可發展為慢性萎縮性胃炎。

　　8、免疫因素

　　在萎縮性胃炎，特別是胃體胃炎患者的血液、胃液或在萎縮粘膜的漿細胞內，常可找到壁細胞抗體或內因子抗體，故認為自身免疫反應是慢性萎縮性胃炎的有關病因。近年來發現少數胃竇胃炎患者有胃泌素分泌細胞抗體，它是細胞的特殊自身免疫抗體，屬Ig G系。部分萎縮性胃炎患者體外淋巴細胞轉化試驗和白細胞移動抑制試驗有異常，提示細胞免疫反應在萎縮性胃炎的發生上也有重要意義。