藥物治療是泌尿系結核最基本的治療方法。由于抗結核藥物的進展, 改變了過去腎結核的外科治療方案, 過去認為必須行手術的患者, 有可能采用藥物而治愈,必須行腎切除的患者,可能通過整形手術而保留患腎。國際防癆協會主張所有結核患者均應采用有效的短程化療。腎臟血運豐富, 尿中抗結核菌藥物濃度高,短程化療不僅殺菌效果良好,病變復發率亦低。國外研究利用利福平、異煙肼治療6-8 個月的腎切除病理標本, 發現結核菌已全部殺死,空洞愈合。短程化療方案為異煙肼、利福平及吡嗪酰胺三種殺菌藥物組成,總療程6 個月,吡嗪酰胺僅用于頭2 個月。治療后, 若腎臟無鈣化,隨診1 年,若有鈣化,則需長期隨診至鈣化停止。治療期間應定期復查,如治療6-9 個月,仍不能轉為正常,或腎臟嚴重破壞者,則應手術治療。
在手術治療中腎切除術適應癥為:(1)廣泛破壞功能喪失的腎結核(2)腎結核伴有腎輸尿管梗阻,繼發感染(3)腎結核合并大出血(4)腎結核合并難于控制的高血壓(5)鈣化的無功能腎結核(6)雙側腎結核一側廣泛破壞,對側病變較輕時,可將重病側腎切除,(7)結核菌耐藥,藥物治療效果不佳者。腎切除的目的是防治高血壓,膿腫及瘺管的形成,改善生活質量,并可縮短化療療程[11]。患側輸尿管末端殘留過多, 可能是造成術后長期膀胱刺激征的根源, 即使再采用三聯抗結核治療也可能無法治愈[12]。術中應盡可能切除患側輸尿管, 防止輸尿管殘端綜合征。腎臟部分切除術和腎病灶清除術臨床應用較少。腎臟手術前應用藥物治療2-6 周。
整形手術主要用于結核致輸尿管局部狹窄,腎臟病變較輕的患者, 常見部位為輸尿管膀胱連接部,其次為腎盂輸尿管連接部。常用手術方法為輸尿管膀胱再植術、腎盂成型術，少數患者可以應用輸尿管擴張術。
對于一側腎結核對側腎積水患者，如腎功能及一般情況較好，可在抗結核藥物治療下先做腎切除，待膀胱結核好轉后再處理對側腎積水。如發生膀胱攣縮，在上尿路病變不重情況下可行膀胱擴大術;但如果腎、輸尿管積水嚴重，已經有尿失禁及膀胱頸、尿道狹窄者應行尿流改道治療。