泌尿系結核是全身性疾病。故須重視全身的治療。包括營養、環境、休息、醫療體育等。現代化學治療的進展,使泌尿系結核的治療原則有所改變,以藥物治療為主，配合必要的手術治療。早期泌尿系結核病變較輕，范圍局限。在正確使用抗結核藥物治療后，多能治愈。只有在腎臟破壞嚴重或泌尿系統有嚴重并發癥,如輸尿管狹窄、膀胱結核性攣縮伴對側腎積水時,才需要手術治療。手術旨在去除不可修復的破壞病灶，解除梗阻，搶救腎功能。
腎切除術適用于廣泛破壞的一側腎結核，或結核腎伴嚴重繼發感染而喪失功能者，此時可將病腎切除。雙腎結核并不是手術的絕對禁忌，一側腎結核破壞無功能，另一側病變較輕仍可將破壞嚴重的一側腎切除。
腎部分切除術適用于結核病灶局限于腎一極而藥物不能治愈，同時腎盞和輸尿管均無改變者。若唯一有功能的腎需作腎部分切除時,則應保留2/3的腎組織以免引起腎功能不全，適應癥必須嚴格掌握。由于藥物治療的進步，部分腎切除已極少應用于腎結核的治療。
腎病灶消除術適用于腎實質內完全閉合或引流不暢難以愈合的結核性空洞。腔內充滿干酪樣物質者，藥物治療常不能奏效，且為潛伏感染的來源。通過切開清除，可防止膿腫擴大或破潰，并可保留未受損害的腎組織。
腎結核并發嚴重膀胱結核伴對側腎積水或雙腎結核功能不良者，治療上較為復雜，應積極搶救，盡量保存腎組織，恢復腎功能。
常用的抗結核藥物有利福平、異煙肼,吡嗪酰胺、乙胺丁醇及鏈霉素等。一般都選用二種或三種藥物聯合應用效果較好，可延緩耐藥性的出現并減少毒性反應。應用利福平、異煙肼、吡嗪酰胺三者合用可將療程縮至6個月至1年。