無精子癥有兩大類原因，一為睪丸有正常生精功能，由于輸梗阻，使睪丸生成的精子不能排出體外，稱為梗阻性無精子癥：另一類為非梗阻性無精子癥，是指睪丸本身生精功能障礙，不產生精子或只產生極少量的精子，導致精液中沒有精子。
非梗阻性無精子癥的病因
(1)遺傳學異常：染色體數目異常，如Klinefelter綜合征，又稱氏綜合征，染色體核型為47，XXY，是一種染色體數目異常所致的疾病，為臨床上最常見的男性性腺功能低下，染色體結構異常，Y染色體微缺失，雄激素受體異常等。內分泌異常，如卡爾曼綜合征、選擇性促卵泡生長激素缺陷癥。
(2)感染性疾病：如流行性腮腺炎病毒引起的睪丸炎及性傳播疾病所致的睪丸損傷等。
(3)物理、化學及藥物的影響：射線輻射及熱輻射損傷、細胞毒性抗腫瘤藥物、慢性酒精中毒等。
(4)外傷及醫源性損傷。
(5)精索靜脈曲張。
(6)環境因素：如環境污染物、食品添加劑、有機溶劑、農藥及除草劑等。
梗阻性無精子癥的病因
(1)先天性因素：
生殖系統先天性畸形如附睪囊腫、先天性雙側輸精管缺如或閉鎖、精囊不發育或缺如等。
(2)后天性因素：
生殖道感染如淋病、非淋菌性尿道炎及結核引起的附睪梗阻等;
創傷如外傷和手術所致的輸精管及射精管的梗阻等;
腫瘤如附睪、精索、精囊和前列腺的腫瘤侵及或壓迫輸精管和射精管。以上都會導致無精子癥。