強直性脊柱炎對每個人的影響不同。其特征是自發緩解和加重交替出現，尤其在疾病早期。一般預后較好，因為病變常常相對較輕，或呈自限性，大多數病人能從事全日工作和學習，存活期和一般人群無差別，少數病人可表現為持續性疾病活動，并在早期出現嚴重殘疾。
具有以下因素者往往提示預后不良：起病年齡≤16歲的男性;有髖關節受累;血清免疫球蛋白IgA明顯升高;較大量的非甾類抗炎藥治療2周仍不能控制疼痛癥狀;合并有關節外癥狀如心血管系統受累、腎淀粉樣變性、脊柱骨折及其它嚴重并發癥。髖關節受累及頸椎完全強直是功能障礙的重要原因。近年來，髖關節置換術已改善了這些病人的部分或全部功能喪失。另外，該病的早期診斷和治療可改善預后，早期治療可延緩和推遲疾病的發展，大大減少脊柱強直的發生，因此患有強直性脊柱炎的病人應對該病予以足夠重視，充滿信心，積極配合醫生的治療。