卵巢巧克力囊腫的病因尚未清楚,但與人工流產為主的宮腔手術有著密切關系。由此可見,預防巧克力囊腫的關鍵在于,如何避免子宮內膜異位癥的發生。根據與子宮內膜異位癥發病有關的“危險因素”,應從以下幾方面采取預防措施：
其一，注意調整情緒,保持樂觀開朗的心態,使機體免疫系統的功能正常。注意自身保暖,避免受寒著涼。
其二，避免在臨近月經期進行婦科雙合診，以免將子宮內膜擠入輸卵管，引起腹腔種植。同時經期禁止一切劇烈活動、性生活及重體力勞動。月經期要做好自身保健,注意控制自己的情緒,不要生悶氣,否則會導致內分泌的改變;
其三，如已查出患有子宮內膜異位癥,巧克力囊腫大于6cm以上者,在月經期或月經中期,一定要注意保持情緒穩定,避免過度勞累,一旦囊腔內張力突然升高時,囊壁破裂,會形成急腹癥;
其四，婦科手術盡量避免接近經期施行，必須進行時，術中操作要輕柔，避免用力擠壓宮體，否則有可能將內膜擠入輸卵管、腹腔。盡量少做人工流產和刮宮,做好計劃生育;
其五，及時矯正過度后屈子宮及宮頸管狹窄，使經血通暢，避免淤滯或引起倒流;
其六，嚴格掌握輸卵管通暢試驗(通氣、通液)及造影的操作規程，不可在月經剛干凈或直接在刮宮這一周期進行，以免將內膜碎片經輸卵管壓入腹腔;
其七，剖宮產及剖宮取胎術中應注意防止宮腔內容溢入腹腔，在縫合子宮切口時，勿使縫線穿過子宮內膜層，縫合腹壁切口前應用生理鹽水沖洗，以防內膜種植;
其八，晚婚的婦女，尤其伴有痛經者，應盡早生育，若婚后一年仍無生育應到醫院行不孕癥的有關檢查。