慢性腎盂腎炎患者病程較長，較容易反復發作。急性發作的患者應按急性腎盂腎炎治療，病情反復發作患者則應通過尿細菌培養并確定菌型，明確此次再發是復發或重新感染。慢性腎盂腎炎復發是指治療后菌株轉陰性，但在停藥后的6周內再發，且致病菌和先前感染的完全相同，其復發有以下常見原因。
1.尿路解剖上或功能上異常，引起尿流不暢。可通過靜脈腎盂造影或逆行腎盂造影明確，如有明顯解剖異常情況存在，需手術加以糾正。如果梗阻因素難以解除，則根據藥敏選用恰當抗菌藥治療6周。
2.抗菌藥選用不當或劑量和療程不足，常易復發，可按藥敏選擇用藥，治療4周，常需兩種藥物聯合應用。
3.由于病變部位瘢痕形成，血流量差，病灶內抗菌藥濃度不足，可試用較大劑量殺菌類型抗菌藥治療如先鋒霉素、氨芐青霉素、羥芐青霉素、乙基因梭霉素等，療程6周。
另外，腎盂腎炎患者一年內如尿感發作在3次或3次以上又稱復發性尿感，可考慮長程低劑量治療。一般選毒性低的抗菌藥物，如復方磺胺甲惡唑或呋喃坦丁每晚一粒，服用1年或更長。