有遺傳因素和環境因素。家族遺傳是常染色體顯性遺傳所致。由不良療法性致畸則顯得更為重要，如 60 年代初期德語系國家的孕婦在懷孕早期習慣性服用反應停(thalidomide )鎮靜劑造成大量的肢體畸開， 尤以短指、無指畸形多見。亦有的短指畸形與先天性梅毒和內分泌功能障礙有關。發生機制是在胚胎中期指骨的軟骨內骨化受到干擾，骨化生長發生障裱燕麗藻藺醚短，手指亦短，甚至造成“海豹手”。
近年來隨著人類基因組的完成，在基因診斷上亦不斷有所突破，國外 2001 年亦成功地闡明了短指癥的突變基因，這為人類預防和治療此病提供了良好的基礎。