遺傳因素
X染色體缺失或畸變可導致已形成的卵泡萎縮退化。
卵巢手術
卵巢部分切除、卵巢囊腫剝除或一側附件切除術后，以及放療、化療均可損傷卵巢，引起卵巢早衰。
感染
兒童期病毒性腮腺炎可能引起早期嚴重的卵巢損害;嚴重的感染如輸卵管、卵巢膿腫，可破壞卵巢組織，導致卵巢早衰。
垂體功能異常
促性腺激素過度刺激，可加速卵泡閉鎖，使卵泡消耗過多。
免疫因素
卵巢早衰常并發甲狀腺炎、系統性紅斑狼瘡、類風濕性關節炎。此時，患者外周血中有抗卵巢抗體，抗體與卵巢中相應細胞結合后會損傷卵泡而致使卵巢功能衰竭。
特發性卵巢早衰
無明確誘因的過早絕經，染色體核型為46XX，通常測不到自身免疫抗體，為卵巢早衰的最常見類型。