治療卵巢早衰關鍵是早發現、早治療。治療的最佳時間是在12個月以內。女性一旦發現自己月經量減少或突然停經，要及時去看醫生，切不可拖延，錯過治療的最佳時機。
激素替代治療
這種治療方法不僅能緩解因雌激素減少而引起的血管舒縮不穩定癥狀，而且可以防止性器官萎縮、骨質疏松及因血脂代謝紊亂而引起的心血管疾病。但長期用藥時應警惕肝功能損害、血栓形成及乳腺癌、子宮內膜癌的發生，因此應在醫生指導下使用。
中藥治療
補腎中藥可以調整卵巢早衰，對卵巢有減輕萎縮的作用。此外， 肝郁、脾虛、氣血失調也是經閉的重要病機，可以按照中醫辨證論治的方法進行治療。
針灸治療
現代研究認為，針灸能夠調整卵巢的自身功能，使生殖內分泌恢復正常的生理狀態。有報道采用針灸治療卵巢早衰引起的潮熱、失眠、煩躁、陰道干澀、性功能減退和生殖器官萎縮等癥，結果臨床癥狀減輕，有效率達到89.47%。