男性患者的主訴可有瘙癢，外傷摩擦后出血，以及大的疣體繼發感染后有惡臭，尿道內尖銳濕疣通常無癥狀，但脆性損害可引起血尿，很大的疣體則會引起尿路梗阻，臨床常見的損害有丘疹，角化性斑塊，乳頭樣或菜花樣贅生物，散在或融合，同一患者常有多種表現(圖1～4)，顏色從粉紅到灰白色，取決于單個乳頭毛細血管的充盈狀態，大小不等，質地多數較軟，好發部位是冠狀溝，包皮，龜頭，系帶，尿道口，陰莖體，肛周和陰囊，乳頭樣或菜花樣疣主要發生于潮濕部位，如包皮腔，尿道口和肛周，圓形丘疹疣主要位于干燥部位，如陰莖干及有毛的會陰部，顏色可呈膚色或有色素沉著，扁平角化斑塊疣無蒂，表面粗糙，略高于皮面，有程度不一的色素沉著，有學者提出明顯的棕色或灰色色素沉著提示角化不良，應做活檢，已有13例膀胱尖銳濕疣的報道，多數伴發尿道損害，部分患者和使用過免疫抑制劑有關。

　　女性損害常累及從宮頸到肛門所有鱗狀上皮覆蓋區域的多個部位，呈多中心病變，嚴重者可累及宮腔，宮頸濕疣多發生在宮頸移行區內，單發或多發，可融合，有點類似于乳頭狀上皮增生，但可在半透明的上皮下見到規則的管袢，依靠帶放大鏡的陰道鏡則可以發現約1/3患外陰濕疣的女性有陰道濕疣，陰道濕疣常多發，多見于陰道的上1/3和下1/3部，損害表現為高起，稠密的白色突起，有時呈一凸起無血管分布的角化斑塊，陰道濕疣的特點之一是可自發性消退，特別是在宮頸和外陰的病變治療之后，外陰濕疣最常見，一般為柔軟，粉紅或灰白色，有血管的無蒂贅生物，表面具有多發的指狀突起，初發于潮濕和性交摩擦部位，如陰道口，陰唇，尿道口，處女膜，也可擴散到外陰其他部位或肛周，非黏膜區的濕疣則表現更為角化，類似于尋常疣，女性尖銳濕疣大多數無癥狀，有時可有瘙癢，疼痛，性交后出血和陰道分泌物。

　　嬰兒和青春期的男女兒童可發生肛周濕疣，女性兒童可有外陰濕疣，其傳染性很難判斷，是否由于HPV的長期潛伏，性虐待或通過日常用具傳播不能確定，國外有專家指出，尖銳濕疣是兒童性虐待的標志。

　　喉部尖銳濕疣大多數病例報告發生在嬰兒，主要由HPV6和HPV11引起，病毒傳染途徑是經胎盤，圍生期或生后感染還不清楚;成人喉部尖銳濕疣則和口交有關，巨大尖銳濕疣又稱癌樣尖銳濕疣，表現為疣體過度增生，類似鱗癌，但組織學示良性病變，與HPV6感染有關，妊娠期尖銳濕疣生長快，脆性增加，應去除;鑒于剖宮產預防新生兒感染價值不明，常規仍應采用陰道分娩，僅在疣體增大到阻塞產道或可能導致大出血時才推薦剖宮產。

　　亞臨床感染：絕大多數生殖道肛門HPV感染是亞臨床的，組織細胞學方法也僅能檢出不到一半，更多的是核酸水平的亞臨床感染，組織細胞水平亞臨床感染男性可通過醋酸白試驗發現，部位主要在陰莖和陰囊;女性可由陰道鏡，醋酸白試驗，病理，宮頸涂片等方法檢測，以宮頸感染最常見，有醋酸白上皮區，陰道前庭乳頭瘤，融合型乳頭瘤3種主要表現。