根據患者的臨床表現
結合病理檢查，便可確診，但應與增殖型肛門結核、生殖器癌、生殖器鮑文樣丘疹病相鑒別。
由于疣的種類不同，臨床表現各異。扁平疣呈米粒及芝麻大扁平隆起的損害，表面光滑，色淺褐或正常皮色。傳染性軟疣初起為米粒大、半球形丘疹，中心有小白點，逐漸增至如綠豆大，境界明顯，質硬，中心凹陷似臍窩，呈灰白、乳白、微紅或正常皮色，表面光滑。損害數目不定，少數散在，或數個簇集，不想融合，可擠出白色乳酪樣物。尋常疣初起為米粒大小，微黃色角化性丘疹，中央可見一針頭小紅點，逐漸增至綠豆大小，圓形或多角形乳頭狀隆起，境界明顯，質硬，表面粗糙呈刺狀，灰白，污染或污褐色。初發常為1個，長期不變或不斷增多，鄰近者互相融合，有時可自身接種。
典型病例，肉眼可作出診斷。外陰有尖銳濕疣者，應仔細檢查陰道及宮頸以免漏診。對體征不典型者，則需進行輔助檢查以確診。主要輔助檢查有以下幾種。
1、細胞學檢查可見到挖空細胞
表現為中層細胞核大，有時可見到雙核，核深染，核周有大空泡，雖然挖空細胞的特異性較高，但挖空細胞的檢出率較低。
2、陰道鏡檢查陰道鏡檢查對發現宮頸病變頗有幫助
典型病灶表現為每個乳頭狀突起的半透明表皮下都有中央血管袢。宮頸涂以3%醋酸后，可見移行區內外鱗狀上皮呈白色斑塊，襄面隆起不平或為小乳頭指樣突起，有中央毛細血管，也可表現為點狀血管呈花壇狀或呈細小鑲嵌排列。
3、病理組織學檢查尖銳濕疣鏡下呈外向性生長
增生的乳頭小而密集，表層細胞有角化不全或過度角化;棘細胞層高度增生，有挖空細胞出現，為HPV感染的特征性改變;基底細胞增生，真皮水腫，毛細血管擴張，周圍有慢性炎細胞浸潤。
4、聚合酶鏈反應(PCR)PCR方法簡便、快速、敏感性高
特異性強。可檢測極微量HPVDNA，不僅可確診是否為HPV感染，且能確定HPV類型。注意取新鮮病變表面的刮取物或病變組織以提高陽性率。
5、核酸DNA探針雜交以原位雜交應用較多
原位雜交是直接在組織切片或細胞涂片上進行雜交反應，通過光鏡檢查。此法有助于對組織學可疑病變的鑒別。